MICROBIOLOGIA E MATABOLOMICA

Qualifiche dell'autore: 
fondatrice e direttore scientifico del Laboratorio Analisi Valsambro Srl, Bologna

Dal suo seminario “Gut screening” e “campo oscuro” in patologia cronica è emerso il modo nuovo con cui la medicina sistemica esamina la malattia: considerando, cioè, l’eziopatogenesi in relazione al malato.
Questo criterio, che è alla base del modus operandi del Laboratorio Valsambro, indica che per una diagnosi precisa è indispensabile identificare non solo cosa ha scatenato la malattia, ma anche ciò che ne è seguito e la risposta immunitaria della persona.
La medicina sistemica considera la malattia cronica come frutto di incidenti di percorso con batteri e altro, quindi come risultato delle relazioni complesse tra microbo e ospite. Risalire al patogeno, il microrganismo che ha provocato l’infiammazione, è essenziale ma non basta. Per una diagnosi personalizzata occorre identificare i microrganismi che si sono aggregati man mano e il modo in cui l’ospite si è adattato al patogeno, ovvero la sua risposta immunitaria.
Questo è ciò che io definisco “patobioma”, l’insieme degli inneschi infettivi che causano la malattia.
L’esame del “patobioma” richiede vari livelli di approfondimento, ed è indispensabile combinare test più tradizionali ad altri decisamente innovativi. Non a caso lei qualifica la medicina sistemica come “integrata”, in quanto affianca il lavoro manuale della ricerca microbiologica all’uso delle sofisticate tecnologie della ricerca molecolare. Di quali test si tratta, in particolare? Ogni distretto ha il suo microbiota: la pelle, la bocca, la vagina, l’apparato urinario e così via; anche il sangue è terreno di coltura di batteri, ma il distretto in cui essi sono maggiormente presenti è l’intestino, alla cui mucosa sono attaccati il sistema linfatico e le placche di Peyer, da cui dipende gran parte del sistema immunitario.
L’equilibrio del microbiota intestinale e l’integrità della mucosa sono essenziali per la salute. I batteri residenti, che aderiscono alla mucosa, ne assicurano l’integrità, mentre lo squilibrio tra loro, o disbiosi, la compromette. Se la mucosa non fa più da barriera, divenendo permeabile, avviene l’atopobiosi, cioè la traslocazione batterica che provoca l’infiammazione. Quindi la progressione dei controlli, e del livello di approfondimento, riguarda il microbiota, lo stato infiammatorio della mucosa e la sua permeabilità.
Il nostro test del microbiota è il gut screening normal. Non a caso lo propongo con gli esami colturali locali, in caso di vaginite, cistite o faringite cronica, mentre è sufficiente per individuare i patogeni nei casi di diarrea e di gonfiore intestinale.
Lo proponevo già vent’anni fa, quando il sequenziamento genico del microbiota non esisteva. Poi hanno cominciato a farlo, abbandonando però gli esami di microbiologia. Cosa risulta da questo? Intanto un test del DNA non distingue tra batteri vivi o morti, quindi non individua quelli che possono produrre metaboliti attivi.
Con il sequenziamento genico, poi, non è possibile vedere i funghi, i protozoi e gli altri microrganismi del microbiota. Invece importa individuarli perché se un fungo come la candida aumenta, diventa patogeno, ed è difficile da debellare; anche riuscendoci, è endogeno, sta nell’intestino e ricresce; oppure capita che, debellata la candida albicans, emerga la candida krusei o di altro tipo. Non c’è un solo tipo di candida, quindi, tolta quella che prevale al momento, si notano gli eventuali altri squilibri.
Spesso la terapia dei funghi si protrae per questo. In tal caso procedo con una colturale di controllo e, in pochi giorni, riesco a capire come procedere con la terapia.
Infine, ci sono i batteri patogeni a bassa carica che rendono croniche le malattie e vanno eliminati. In questi casi bisogna procedere manualmente per avere risultati precisi, e occorrono tempo, pazienza e studio. Ciò vuol dire servirsi della microbiologia, anche se in modo diverso.
Proseguendo con i test del nostro laboratorio, l’esame diagnostico di secondo livello è il gut plus: oltre a includere il gut screening normal e la rilevazione del sangue occulto, misura la calprotectina, la lattoferrina e, in presenza di una forte infiammazione che può degenerare, l’enzima M2PK.
Questo test serve a valutare lo stato infiammatorio dell’intestino in caso di malattie croniche come quella reumatologica, autoimmunitaria, neurologica o oncologica.
Con i test di terzo livello verifico, poi, l’attività immunitaria della mucosa, misurando la produzione dell’istamina e di anticorpi come le IGA secretorie e le IGG, ottenendo risposte specifiche sull’andamento della malattia. Se il livello di immunizzazione è elevato, per la medicina tradizionale è il segno che c’è maggiore protezione. Invece per chi pratica la medicina sistemica e funzionale è l’indizio della risposta infiammatoria provocata dal virus o dal batterio attivo.
Da qualche anno, per le infezioni croniche eseguo il test Infection Memory.
È effettuato su un campione di sangue e risale a infezioni pregresse date da un numero definito di virus.
Se la risposta è in quel range, non eseguo altri test. Se invece riscontro valori alti di chlamydia o del virus di Epstein-Barr, con il test Elispot provoco una risposta di riflesso dei linfociti sotto lo stimolo del batterio o del virus. L’assenza di risposta indica che, in quel momento, il batterio o il virus non è attivo.
L’Elispot serve per misurare il grado di attività dei microbi e poter trattare la patologia per spegnerla.
È stato elaborato per la malattia di Lyme o borreliosi. La borrelia è un batterio che, a un certo punto, perde le pareti e rimane latente, non va mai via, anzi può riacutizzarsi dopo parecchi anni e addirittura trasmettersi dalla madre al figlio.
La borreliosi è procurata da insetti ematofagi come le zecche. Quando sospetto si tratti di questo nel caso di malattie neurologiche, reumatologiche e degenerative, chiedo al paziente se è stato punto da una zecca. In molti casi risponde di sì, ma capita anche che non se lo ricordi, perché la zecca ha un anestetico nel rostro, e chi è punto, non sentendo dolore, può non accorgersene. Con la puntura il contenuto dello stomaco va nel torrente sanguigno, portando con sé le coinfezioni comprensive di virus come l’Epstein-Barr o il citomegalovirus e di batteri come la chlamydia o il mycoplasma. Quindi, torniamo al “patobioma”, all’insieme degli inneschi infettivi.
Sapere quali test eseguire per una malattia vuol dire fare medicina di precisione. Se, ad esempio, il paziente ha un linfoma, il gut screening e un tampone nei vari distretti sono utili, però serve anche l’Elispot, perché il virus di Epstein-Barr può accendere quella malattia.
Di quali altre malattie è responsabile il virus di Epstein-Barr? È un tipo di herpesvirus che fa da innesco infettivo a varie malattie oncologiche e alla sclerosi multipla, ma è un’indicazione. Bisogna considerare il “patobioma”, perché se c’è un virus, c’è il batterio che l’ha portato, a sua volta portato da altro e così via. La regola è: trattare sempre l’individuo più grande che trasporta il più piccolo. Bisogna andare alla base, perché mirando solo al virus, non si distrugge il carro armato che l’ha portato in giro. Quindi, occorrono esami di laboratorio specifici.
Considerando il numero enorme di batteri e di virus, è chiaro che non abbiamo tutte le risposte. Noi indaghiamo quelli per cui c’è una letteratura fiorente riguardo la relazione microrganismo-malattia, e lavoriamo mettendo a frutto la microbiologia e la medicina molecolare. Se la diagnostica di secondo e terzo livello fa la differenza, il molecolare ne fa molto di più, e noi siamo attrezzati anche per questo.
Quale apporto dà il molecolare nell’approccio alle malattie e per la loro risoluzione? La medicina sistemica ha cambiato paradigma passando dalla genetica all’epigenetica. In altri termini, ha spostato l’indagine dal genotipo al fenotipo. Come dico sempre, il genotipo è la possibilità, il fenotipo è la realtà. Per esempio, un tatuaggio sul braccio, finché rimane coperto dalla manica della giacca, non è visibile: questa è la possibilità genetica.
Quando tiriamo su la manica, diventa visibile: questa è la realtà, l’espressione del gene, ovvero il fenotipo.
Possiamo anche considerare il genotipo come una grande libreria: ciascuno ne dispone ma non è detto che nella sua vita leggerà tutti i libri. Potrebbe leggerne solo alcuni.
Il momento in cui ne legge uno equivale all’espressione del gene, il cui effetto visibile è il fenotipo, la risultante dei cambiamenti del DNA in quel momento, con il gomitolo di proteine che stanno attorno al DNA e sono più del DNA.
Con lo switch (tr. “interruttore”), il processo di accendimento e spegnimento dei geni, possono accendersi le malattie. Possiamo anche spegnerle, ma non è semplice, perché l’interruttore non è nel muro e non basta spingerlo per spegnere.
Le parole che terminano in -omica si riferiscono al molecolare: genomica, lipidomica, proteomica, metabolomica. Se la genomica è lo spartito e la proteomica lo strumento per leggerlo, ciò che ascoltiamo è la metabolomica. Ciò che di molecolare si avvicina di più al fattore fenotipico è il metabolita, di cui si occupa la metabolomica. Quando il gene si esprime, produce i metaboliti. Allora, esaminando i metaboliti di scarto nel sangue e nelle urine, possiamo andare a ritroso e capire cosa è accaduto, come se scoperchiassimo i bidoni dell’immondizia per capire dai rifiuti chi vive nella casa.
Ogni persona ha un aspetto metabolomico di base che pian piano si modifica. Con la metabolomica possiamo individuare i metaboliti della disbiosi. I batteri dell’intestino sono soprattutto gram-negativi e producono lipopolisaccaridi, tossine che portano al rischio cardiovascolare.
Molti studi attestano che la metabolomica permette di predire l’incidente cardiovascolare silente, la celiachia e l’Alzheimer.
Ci sono metaboliti che bloccano addirittura l’assimilazione delle vitamine. Nei casi di problemi neurologici, cognitivi o autistici, l’ipotesi medica è che ci sia una carenza di vitamine, per esempio, del gruppo B, però dai test ordinari risulta tutto normale. Invece l’esame dei metaboliti mostra che ce n’è uno che blocca l’assimilazione. La vitamina B c’è, solo non viene metabolizzata.
Il medico non la prescrive, perché sembra non servire, invece va data, ma insieme al cofattore che tira via il blocco.
Riuscire a essere specifici, quindi precisi nel trattare la malattia, ottenendo un risultato duraturo nel tempo, fa una grande differenza.